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Dokumentation für die HPC-Implementation
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## Inhaltsverzeichnis
[TOC]
## Übersicht
In dieser Dokumentation wird die Benutzung folgender Systeme erklärt:
......@@ -59,7 +55,7 @@ Gestartet wird der Container mit
```
srun --pty -N 1 singularity shell -B /opt,/var/run/munge,/run/munge,/usr/lib64/libmunge.so.2,/usr/lib64/libmunge.so.2.0.0,/etc/profile.d/slurm.sh sjupyter.sif
```
Dabei wird mit `srun` ein SLURM-Jobs gestartet um in den Container zu "shellen". `--pty` bezeichnet einen interaktiven Job und `-B` setzt den Bind-Path, in dem weitere Dateien liegen, auf die der Container zugreifen kann. `sjupyter.sif` kann auch um den Pfad ergänzt werden.
Dabei wird mit `srun` ein SLURM-Jobs gestartet um in den Container zu "shellen". `--pty` bezeichnet einen interaktiven Job und `-B` setzt den Bind-Path, in dem weitere Dateien liegen, auf die der Container zugreifen kann. `sjupyter.sif` kann auch um den gesamten Pfad ergänzt werden.
Im Container wurde `~/testenv/git/ProxPython` als Verzeichnis für ProxPython definiert. Weicht dieser ab, muss der PythonPath vor dem Ausführen von Singularity gesetzt werden. Dies erfolgt entweder einmal pro Sitzung mit
```
......@@ -145,7 +141,7 @@ Nutzung
2. Laden von Singularity: `module load singularity/3.2.0`
### Verbinden mit dem Container
Den Container starten wir wieder mit:
Der Container wird wieder gestartet:
```bash
SINGULARITYENV_PYTHONPATH="$HOME/testenv/git/ProxPython:$HOME/testenv/git/samsara/python" srun --pty -p medium-fas -N 1 singularity shell -B /opt,/var/run/munge,/run/munge,/usr/lib64/libmunge.so.2,/usr/lib64/libmunge.so.2.0.0,/etc/profile.d/slurm.sh ~/testenv/sjupyter.sif
```
......@@ -159,7 +155,7 @@ jupyter notebook --port <port> --ip 0.0.0.0 --no-browser
gestartet. Dabei wird mit `<port>` ein freier Port auf dem lokalen Gerät gewählt.
> Portnummern im hohen Bereich (> 10000) sind fast immer frei.
Da wird spezifiziert haben, dass das Notebook lokal läuft, müssen wir nun einen SSH-Tunnel auf den Controller erstellen, auf dem das Notebook läuft.
Da spezifiziert wurde, dass das Notebook lokal läuft, muss nun einen SSH-Tunnel auf den Controller erstellt werden, auf dem das Notebook läuft.
Bereits beim Start des Notebooks kommt eine Nachricht, die etwa so aussieht:
```
To access the notebook, open this file in a browser:
......@@ -271,6 +267,7 @@ SINGULARITYENV_PYTHONPATH="<Pfad zu>/ProxPython:<Pfad zu>/samsara/python" bsub -
```
Hier steht `-ISs` für einen interaktiven Job.
Ein Container, der auf LSF zugeschnitten ist, ist auch im [Singularity Hub](https://www.singularity-hub.org/collections/3058) zu finden. Er trägt das Label `extended`.
Die restliche Benutzung ist identisch.
## Weitere Dokumentation
https://ipyparallel.readthedocs.io/en/latest/process.html
......
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